Установил OpenNMS 1.12.1 под Ubuntu 12.04.3 LTS 64-bit, в присутвии PostgreSql 9.1 и Oracle JAVA 1.7.
Установку вел строго по инстукции и она не вызвала никаких затруднений.
Есть несколько вариантов где прописать значение переменной
JAVA_HOME. Самый простой и понятный для меня
/etc/environment.